Le Belge Gilbert Deflo fait ses études à l’Institut National Supérieur des Arts du Spectacle à Bruxelles et au Piccolo Teatro de Milan avec Giorgio Strehler.

Sa première production marquante est L’Amour des trois oranges à Francfort. Nommé par Gerard Mortier metteur en scène permanent au Théâtre Royal de La Monnaie de Bruxelles, il y signe de nombreuses productions de 1981 à 1987. En 1989, il réalise sa première production en Italie avec Fra Diavolo à Palerme.

Sa carrière évolue sur les scènes internationales : il met en scène Le Couronnement de Poppée et Le Retour d'Ulysse dans sa patrie à Montpellier, Roland de Lully, La Serva Padrona de Pergolèse, Xerxès de Haendel et Semiramis au Théâtre des Champs-Elysées, La Dame de pique et L'Orfeo à Barcelone, La Serva Padrona, La Clémence de Titus et Così fan tutte à Lausanne, Croesus de Reinhard Keiser avec René Jacobs au Staatsoper de Berlin, Il Ricco di un giorno de Salieri à Vérone, Le Grand Macabre de Ligeti à Hambourg, La Femme sans ombre au Welsh National Opera, Aïda au Scottish Opera, La Bohème à Buenos Aires, Thérèse de Massenet, Cavalleria rusticana de Mascagni et La Gioconda de Ponchielli à Zurich, Manon Lescaut au Deutsche Oper de Berlin et à Helsinki, Il Diavolo in giardino de Luchino Visconti et Franco Mannino à Palerme. A l'Opéra de Paris, il a monté Manon (1997), Don Quichotte (2000), L'Amour des trois oranges (2005) et Un bal masqué (2007).

Il réalise la mise en scène des créations mondiales de Der Traumgörge de Zemlinsky à Nuremberg (1980), Thijl de Jan Van Gilse à Amsterdam (1980) et La Forêt de Rolf Liebermann à Genève (1982).