Emmanuel Olivier étudie le piano au CNR de Lille et au conservatoire royal de Bruxelles avant d'intégrer le CNSM de Paris où il obtient le diplôme de formation supérieure de piano, ainsi que les premiers prix d'analyse et de musique de chambre. Passionné par la musique vocale, la littérature et la scène, il continue ses études dans les classes d'accompagnement vocal et de direction de chant où il reçoit à nouveau deux diplômes de formation supérieure. Après avoir enseigné à la Maîtrise de Radio-France, il devient professeur assistant d'accompagnement vocal au CNSM et donne à plusieurs reprises des masterclasses sur le répertoire français au Conservatoire central de Pékin, ainsi qu'à la Musikhochschule de Karlsruhe. Il intervient également à Royaumont lors de la session Gounod, et à l'Académie européenne du festival d'Aix-en-Provence. Il se produit en soliste et accompagne de nombreux chanteurs à la BnF, à la Cité de la musique, aux festivals de Montpellier et d'Aix-en-Provence, aux opéras de Lille et de Tours, à l'Auditorium du musée d'Orsay et au musée du Louvre (avec Anna-Caterina Antonacci), ainsi qu'en Europe, en Jordanie, à Chypre, en Chine et au Japon. Il est également chef de chant, pour un répertoire allant de Mozart et Paisiello à Berg et Weill, avec une prédilection pour la musique contemporaine : il participe à des créations de Campo, Dusapin, Eötvös, Herz, Mantovani, Marti, Pécou, Strasnoy. Il compose par ailleurs la musique d'une « opérette de rue », Le Procès des sorcières, produite par La Clef des chants et la compagnie On/off.

Collaborant avec de grands chefs d'orchestre tels que Eschenbach, von Dohnanny, Eötvös, Gardiner, Malgoire, il devient l'assistant de John Nelson pour les trois opéras de Berlioz : Benvenuto Cellini (enregistrement live pour Virgin), Béatrice et Bénedict au théâtre du Châtelet et Les Troyens au Grand Théâtre de Genève, ce qui l'amène naturellement à la direction d'ouvrages lyriques. Il dirige ainsi Tosca avec l'Orchestre du Grand Théâtre de Reims, O mon bel inconnu à l'Opéra-Comique, Don Giovanni et Orfeo et Euridice avec La Grande Écurie et La Chambre du Roy, Riders to the Sea avec le Malta Philarmonic Orchestra, Opérette de Strasnoy avec l'ensemble 2e2m, Les Noces de Figaro, Mireille et L'Elisir d'amore avec l'orchestre Ostinato, La Servante maîtresse avec les solistes des Siècles et des cantates de Bach avec l'ensemble Galuppi. Il est également directeur musical du spectacle Wolfgang caro mio en tournée avec l'Arcal, de Cenerentola-valise avec Opéra3, de L'Amour masqué et de Cendrillon à l'auditorium du musée d'Orsay.