Avant d'intégrer l'École du Théâtre National de Strasbourg en 1999, Emilie Incerti suit les formations de l'École du Rond-Point des Champs Élysées et de l'École de Chaillot. Elle travaille avec Abbes Zahmani et Michelle Marquais.

Sortie de l'École en 2002, elle intègre la troupe du TNS et joue dans La Famille Schroffenstein de Kleist, créée par Stéphane Braunschweig et sous la direction de Laurent Gutmann dans Nouvelles du Plateau S. d’Oriza Hirata.

Elle travaille ensuite avec Yann-Joël Collin dans Violences de Didier-Georges Gabily (2003), avec Hedi Tillette de Clermont Tonnerre dans Marcel B. (2004) et avec Manon Savary dans L'Illusion comique de Corneille (2006).

En 2006, elle joue dans Nous, les héros et Histoire d'amour de Lagarce, mise en scène de Guillaume Vincent, et aussi dans L'Éveil du printemps. Elle poursuit sa collaboration avec Guillaume Vincent dans Le petit Claus et le Grand Claus, La nuit tombe, Rendez-vous Gare de l'Est, spectacle pour lequel elle est nommée aux Molières en 2015.

Elle travaille également avec Bérangère Jannelle dans Twelfth night, Eric Vignier dans L'illusion comique, Benoit Bradel dans Au bois et retrouve Guillaume Vincent pour Songe et métamorphose au Théâtre de l'Odéon, puis Love me tender et Calisto et Arcas au Théâtre des Bouffes du nord, et encore Les Mille et une nuits au théâtre de l'Odéon. Elle joue avec Pierre-Yves Chapalain dans Derrière tes paupières crée en 2021 au Théâtre national de Bretagne et en 2022 dans Kliniken de Lars Noren mis en scène par Julie Duclos.