Marie Cubaynes étudie le piano dès l’âge de six ans au conservatoire national de région de Toulouse, rejoint la Maîtrise d’enfants et participe aux productions de Carmen au festival de Bregenz, d’Oliver Twist à Toulouse et de L’Enfant et les Sortilèges à Castres. Elle étudie le chant au conservatoire national de région de Toulouse, puis à Paris. En 2006, elle est à l’École normale de musique de Paris. Finaliste en 2009 de plusieurs concours internationaux, elle se produit depuis régulièrement en concert et à l’opéra notamment dans des œuvres contemporaines telles Charlie de Bruno Giner, Le Livre Vermeil de Montserrat de Xavier Benguerel à Barcelone, Le Cœur grec : Eros de Daniel Tosi, dont elle fut la créatrice en 2010 à Toulouse. En 2011, elle chante El Amor Brujo de Falla et le Te Deum de Marc-Antoine Charpentier et participe au festival Déodat de Séverac à Toulouse et aux estivales des Taillades (Lubéron) dans Siete anciones populares españolas de Manuel de Falla avec la Camerata de France et Daniel Tosi.

Elle interprète ensuite le rôle de Dorabella (Così fan tutte) à l’Abbaye de Royaumont. Elle entre à l’Opéra Studio de l’Opéra national du Rhin en septembre 2011 et chante le rôle titre dans Le Chat botté, une Dame d’honneur dans Les Huguenots et Ernestina dans L’Occasione fa il ladro. En 2012-2013, elle participe aux productions de Der ferne Klang de Franz Schreker et Owen Wingrave de Benjamin Britten.