Né en 1972 à Wiesbaden, Jens Harzer se forme à l’Otto-Falckenberg-Schule de Münich. Dès 1993, il joue aux Münchner Kammerspiele ; en 2001, il rejoint le Bayerische Staatsschauspiel que dirige Dieter Dorn.

A Münich, il travaille entre autres avec Herbert Achternbusch, Peter Zadek, Martin Kušej et Dieter Dorn, quand il n’est pas invité dans d’autres théâtres, dont la Schaubühne am Lehniner Platz de Berlin, le Deutsches Schauspielhaus de Hambourg ou encore le Deutsches Theater de Berlin. C’est là qu’il incarne notamment le médecin Astrov dans l’Oncle Vania mis en scène par Jürgen Gosch, une interprétation qui lui vaut de partager avec Ulrich Matthes le titre d’Acteur de l’année décerné par la revue Theater Heute. Au Festival de Salzbourg, il tient de 2001 à 2004 le rôle de la Mort dans le Jedermann que monte Christian Stückl, ainsi que Raskolnikov dans l’adaptation de Crime et châtiment, de Dostoïevsky, que signe Andrea Breth en 2008.

L’un de ses principaux compagnons de route artistiques est Jan Bosse, sous la direction duquel il joue Oedipe au Hamburger Schauspielhaus. En 2011, Jens Harzer – qui fait partie de la compagnie du Thalia Theater depuis la saison 2009/2010 – a été désigné pour la seconde fois Acteur de l’année par Theater Heute, pour sa création du rôle du Marquis de Posa dans le Don Carlos de Schiller mis en scène par Jette Steckel.