Éric Faye est l’auteur d’une vingtaine de romans et recueils de nouvelles. Il publie sa première nouvelle, Le Général Solitude, dans la revue Le Serpent à Plumes en 1992. Trois ans plus tard, il développe ce texte pour en faire le roman éponyme.

Il est également essayiste. Ses deux premiers livres, parus en 1991, sont une monographie sur Ismaïl Kadaré et un recueil d’entretiens avec cet écrivain, réalisés tout d’abord à Tirana en avril 1990 puis en France où il s’est exilé à la fin de cette année-là. Dans les laboratoires du pire, paru en 1993, est consacré aux contre-utopies dans la littérature du XXe siècle, d’Orwell à Aldous Huxley et Ray Bradbury.
Dans Le Sanatorium des malades du temps, il étudie le rapport entre certains personnages de romans du XXe siècle (chez Thomas Mann, Dino Buzzati, Julien Gracq, Kobo Abe) et le temps. Éric Faye, qui a dirigé un numéro sur Kafka (Autrement, 1996), revient à l’essai en 2021 dans Fenêtres sur le Japon, consacré à la littérature et au cinéma japonais, paru aux éditions Philippe Picquier.

En 1998, son recueil de nouvelles fantastiques, Je suis le gardien du phare, obtient le prix des Deux Magots. Ses autres recueils de nouvelles, publiés par les éditions José Corti, sont également imprégnés par l’absurde et le fantastique, comme Un clown s’est échappé du cirque ou Nouveaux Éléments sur la fin de Narcisse.

Son deuxième roman, Parij, publié en 1997, est une uchronie située dans un Paris partagé en une zone occidentalisée et une zone communiste, en imaginant qu’en 1945, les Allemands, remportant la bataille des Ardennes, avaient retardé la progression des Américains et que la partie de l’Europe sous tutelle soviétique devint par conséquent nettement plus étendue qu’elle ne le fut dans la réalité. Les autres romans abordent des thématiques très diverses, comme l’anticipation dans Croisière en mer des pluies (prix Unesco-Françoise Gallimard en 1999), ou le surnaturel dans La Télégraphiste de Chopin (2019). Le roman Éclipses japonaises, fondé sur des faits réels, porte sur des affaires d’enlèvements de Japonais par des agents nord-coréens au cours des années 1970 et 1980.

Autre versant de l’œuvre, les récits, consacrés notamment aux voyages. Éric Faye publie en 2009, Nous aurons toujours Paris, dans lequel, en suivant le fil rouge du merveilleux depuis l’enfance, il évoque ses rencontres avec des écrivains (Ismaïl Kadaré, Julien Gracq). Les récits de voyages puisent notamment dans des séjours en Amérique latine ou en Asie, comme le journal japonais, Malgré Fukushima.
Deux voyages au Tibet et dans plusieurs provinces de Chine donnent lieu en 2018 à un récit sur les traces de l’exploratrice Alexandra David-Néel, coécrit avec Christian Garcin.

En 2010, il reçoit pour Nagasaki (publié chez Stock) le grand prix du roman de l’Académie française. Sont également publiés chez Stock de nombreux ouvrages d’Éric Faye parmi lesquels : Le mystère des trois frontières, Somnambule dans Istanbul, Mes trains de Nuit, L’Homme sans empreintes, Le général solitude, Le syndicat des pauvres types...