Pianiste, compositeur d'origine portugaise et italo-espagnole, Jean-Marie Machado a passé son enfance au Maroc. Jeune adulte, il étudie la musique auprès de la concertiste classique Catherine Collard et s'initie en autodidacte à la musique pop et au jazz.

En 1986, Jean-Marie Machado fait son irruption sur la scène du jazz avec un trio aux conceptions tout à fait originales (Trio Machado avec Louis et François Moutin), et un répertoire entièrement neuf, atteignant, selon Martial Solal, "un degré de raffinement et de perfection rarement atteint dans ce domaine". Il est reconnu comme "l'un des jazzmen les plus inventifs de sa génération".

En 1991, il crée la première version de l'orchestre Vibracordes et enregistre un disque avec le percussionniste Nana Vasconcelos et les cordes du Nouvel Orchestre Philharmonique de Radio-France. Dès lors, Jean-Marie Machado s'affirme comme un leader talentueux de formations originales au service d'une musique riche de croisements entre les mondes du classique, du jazz et des musiques traditionnelles.

Septuor Vibracordes réunit entre 1993 et 1998 la fine fleur de la jeune scène du jazz français (Laurent Dehors, David Chevallier, François Thuillier, Ramon Lopez, Yves Rousseau, Franck Tortiller) et crée en 1996 le spectacle Septuor Vibracordes et les musiques de Bretagne (Chants de la Mémoire, Hopi, 1997). En mai 1998, le French Piano Trio réunit trois pianistes : Martial Solal, Jean-Marie Machado et François Raulin autour d'un répertoire entièrement original. Jean-Marie Machado témoigne de son intérêt pour la poésie et la voix en créant à l'automne 2001 un spectacle en grand orchestre intitulé La Main des Saisons, oratorio profane inspiré des poèmes de Fernando Pessoa, avec la collaboration du metteur en scène Philippe Delaigue et du Chœur Les Solistes de Lyon Bernard Tétu (Leve, leve, muito leve, Hortus distrib. Codaex, 2003).

Jean-Marie Machado ne délaisse pas pour autant les petites formations : il se produit en solo dans de nombreux festivals, joue et enregistre avec Jean-Marc Padovani en duo et en quartet (Takiya, Tokaya avec Paul Motian et Jean-François Jenny-Clark, Hopi), ainsi qu'en duo avec le batteur Ramon Lopez ou le percussionniste Keyvan Chemirani (Azul, Hopi, 1998).

Parallèlement, son activité de compositeur l'amène à multiplier les collaborations : avec les Percussions de Strasbourg, l'Ensemble de Trompettes de Paris, La Maîtrise du Chœur de Radio France (commande du Festival Présence en 2001), pour la danse (Elsa Wolliatson, Compagnie Taffanel, L'Estampe), le théâtre (avec Enzo Corman, La Cie Le Bruit des Hommes), la radio. En 2005, il crée une œuvre pluri-artistique pour l'Ensemble, Orchestre régional de Basse-Normandie, (Direction Dominique Debard).

Entre 1994 et 2001, Jean-Marie Machado participe à des résidences de création et de sensibilisation (à Quimper, Les Ulis, Chelles, Niort, Lannion, Valence, Foix) qui ont donné naissance, entre autres aventures collectives, au Chant des Pierres dans l'eau (pièce pour quinze pianistes, un chœur d'enfants et un chœur d'adultes, amateurs et professionnels), L'Autre Rive (Hortus, 2005, pièces pour chœur, violon, accordéon, tuba, deux percussions) et à deux grandes pièces pour soliste et ensemble d'harmonie fréquemment re-crées : présentées dans l'album Hymne (enregistré en 2002 par l'Ensemble Instrumental de l'Ariège, direction Éric Villevière).

De ses résidences naissent également des formes artistiques pour la jeunesse comme en 1998 le "musi-contage" Double Croche et Sortilège avec le conteur Jean-Jacques Fdida (L'Oiseau de Vérité - conte musique - Editions Didier Jeunesse, 2003) puis en 2004 dans une formule musicale étoffée l'Opéra-Conte La Fille du Diable (deux chanteurs, un conteur, piano, violoncelle, percussion).

En 2001, Jean-Marie Machado effectue un retour remarqué vers un format plus "classique" du jazz avec la création à Banlieues Bleues du Quartet Lyrisme avec autour de Riccardo Del Fra et Jacques Mahieux des solistes tels Paolo Fresu, Andy Sheppard, Glenn Ferris, Sylvain Beuf, Claus Stötter. Cette formation est à l'affiche des plus grands festivals de jazz de l'été 2002 (Jazz à Vienne, Marciac, LaVillette, Orléans) et effectue un grand nombre de concerts sur les scènes nationales. En 2003, le quartet devient sextet pour interpréter une suite instrumentale de jazz d'aujourd'hui dédiée aux grands thèmes de la musique classique et traditionnelle andalouse (Andaloucia, Le chant du Monde - Harmonia Mundi , 2005)

En 2003, Jean-Marie Machado crée un magnifique duo avec le saxophoniste américain David Liebman autour d'un répertoire dédié en partie au fado. Le fado est également au cœur de son nouveau répertoire en piano solo intitulé Solideao. En 2004, une nouvelle collaboration voit le jour avec le chanteur Antonio Placer.