De 1969 à 1972, Jean‑Claude Auvray assiste des metteurs en scène tels que Jean Vilar, Margarita Wallmann, Jean‑Pierre Ponnelle, Giorgio Strehler et participe à de nombreuses productions dont Don Carlo, Boris Godounov, Otello, Maria Stuarda. En 1972, il signe Norma à l’Opéra de Nice. En 1973, Rolf Liebermann l’engage comme metteur en scène résident à l’Opéra de Paris où il reste jusqu’en 1977. II participe aux grandes productions signées Strehler, Lavelli, Chéreau. Il revient à Paris en 1982 pour signer ses propres mises en scène de Tosca au Palais Garnier et Così fan tutte à l’Opéra Comique. En 1974, sa mise en scène de Manon au Théâtre du Capitole de Toulouse se voit décerner le Prix de la critique. De 1981 à 1988, il signe treize mises en scène pour l’Opéra de Bâle, dont Rigoletto, La Clémence de Titus, Idomeneo et Les Contes d’Hoffmann.

Il a réalisé environ cent soixante mises en scène, à Londres (La Bohème, La finta giardiniera, Gianni Schicchi...), Munich (Carmen), Francfort (Rigoletto), New York (Le Barbier de Séville), Houston (Manon), Genève (La Force du destin...), Tel-Aviv (Werther, Eugène Onéguine, Attila, Manon Lescaut, Macbeth), Marseille et Avignon (Fidelio, La Traviata, Dialogues des carmélites, Un bal masqué), Nice (Don Carlo, Les Vêpres siciliennes, Attila, Manon, Faust, La Traviata), Toulouse (Le Prince de Hombourg de Henze, Prix de la critique 1997), Montpellier (cycles Mozart et Verdi), Strasbourg (L’Africaine, Attila), Nancy, Nantes (Tristan et Isolde, Faust), Aix-en-Provence (Elisabetta regina d’Inghilterra, Tancredi), Vérone (La Gioconda), Wexford (Le Roi d’Ys, La Dame blanche, Der Vampyr) et Orange (Don Carlo, Boris Godounov, Elektra, La Force du destin, Tosca, Cavalleria rusticana / Pagliacci).

Ces dernières années, il a mis en scène La Force du destin à l’Opéra national de Paris (2011, repris en 2019) et au Gran Teatre del Liceu de Barcelone (2012), Un bal masqué aux Chorégies d’Orange (2013), Macbeth à Tel-Aviv (2016) et Eugène Onéguine à Tel‑Aviv et Damas (2016).