Après une formation de comédien au Conservatoire National de Région de Bordeaux et une participation aux ateliers de formation du Théâtre National de Toulouse, Frédéric Maragnani se consacre à la mise en scène de théâtre avec la construction d'un projet de compagnie comme outil de recherche et de production sur les écritures modernes et contemporaines.

Depuis 1996, il mène un compagnonnage avec des auteurs : il met en scène Petits rôles, Le Prunus, Le Renard du nord de Noëlle Renaude, Micheline les fabuleuses aventures du jeune Claude d'Emmanuel Texeraud. C'est sur le texte-fleuve de Noëlle Renaude, Ma Solange, comment t'écrire mon désastre, Alex Roux qu'il choisit de mener un laboratoire de mise en scène donnant lieu à trois intégrales présentées à Bordeaux (festival Les Grandes Traversées / Itinéraire d'une écriture contemporaine) ; à Dijon (festival Frictions) ; et à Paris (Théâtre Ouvert - Centre Dramatique National de Création).

Il mène également des études sur les avant-gardes au travers de spectacles comme Homme pour homme de Bertolt Brecht, Le Mystère Bouffe, une heure future, composition à pleine voix de textes futuristes russes.

En 2003, il réalise un montage de deux textes d'Eugène Durif et Noëlle Renaude, les Irruptés du réel / Quarante Églogues, nature mortes et motifs, présenté à la Mousson d'été et aux Chantiers de Blaye 2003. Il exerce depuis plusieurs années une activité régulière de formation et de transmission sur les écritures d'aujourd'hui en direction d'amateurs de théâtre, d'élèves de collèges et lycées d'enseignants et de professionnels du spectacle vivant.

En mars-avril 2004, il met en scène Le Couloir, de Philippe Minyana, à Théâtre Ouvert - Centre Dramatique National de création - Paris, en co-mise en scène avec l'auteur, avec Marcial Di Fonzo Bo, Marie-Armelle Deguy, Françoise Lebrun, Jeanne Vitez, Jean-Paul Dias, Emilien Tessier, Gaëtan Vourc'h, Régis Lux. Marcial Di Fonzo Bo a reçu en 2004 pour ce spectacle et celui de Mathias Langhoff (Rodrigo Garcia - Borges) le Prix de la Critique du meilleur Acteur.

Frédéric Maragnani met en place pour la saison 2005-2006 un projet de diptyque sur les contes théâtraux avec l'articulation de la mise en scène de deux textes : Le Cas Blanche-Neige (comment le savoir vient aux jeunes filles) d'Howard Barker, et Barbe-Bleue (la scène primitive) de Fretel.

L’année suivante, il présente Colère de Mars – 14 colères de Christophe Huysman et Suite 1 de Philippe Minyana ; 2010 voit la création du Conte historique pour Vénus, il était une fois signifie maintenant de Lolita Monga, à propos de l’histoire de la Vénus Hottentote, et La Parisienne d’Henry Becque.

Ses plus récentes mises en scène sont La Belle Hélène d’Offenbach pour l’Opéra de Bordeaux (2011), Tout doit disparaître d’Eric Pessan, présenté durant le Festival d’Avignon 2011 à l’occasion des Quarante ans de Théâtre Ouvert ; Baroufs, d’après Baroufs à Chioggia de Carlo Goldoni, dans une nouvelle traduction de Jean-Paul Manganaro.

Il co-dirige, depuis janvier 2012, avec Hervé Pons et Françoise Roux, la Manufacture Atlantique à Bordeaux à qui était confiée la direction artistique du Festival Novart 2012.